Los hoteles en el centro de Hondarribia se ubican en el casco histórico y zonas aledañas, a poca distancia de la playa, el puerto y el aeropuerto. Las tarifas van desde opciones económicas (Hotel Onyarbi, 1 estrella) hasta hoteles de lujo (Villa Magalean Hotel & Spa, 4 estrellas). La mayoría incluye desayuno, parking privado y wifi. Algunos disponen de piscina, spa o restaurante.
El Parador De Hondarribia, un castillo del siglo X, ofrece vistas al estuario del Bidasoa. El Hotel Jaizkibel combina jardín y diseño contemporáneo. El Hotel Rio Bidasoa dispone de piscina al aire libre y habitaciones hipoalergénicas. El Hotel Jauregui, en el centro, sirve pintxos en un restaurante de temática náutica. Todos estos hoteles obtienen puntuaciones de 87 a 96 sobre 100.