Empuriabrava ofrece una amplia variedad de apartamentos baratos, ideales para familias y viajeros con presupuesto ajustado. La mayoría se encuentran en zonas céntricas o cerca de la playa, como la marina o el centro. Estos pisos suelen incluir cocina equipada, WiFi gratuito y terrazas. Algunos complejos cuentan con piscina y aparcamiento. Los precios son competitivos, especialmente si se reserva con antelación.
Entre los más valorados destacan Waterside Apartment (86/100) con terraza sobre los canales, Pierre & Vacances Empuriabrava Marina (82/100) con dos piscinas y jacuzzi, y Port 27 (83/100) frente al mar. También son populares Empuriabrava Vue Mer y Empuriabrava Front De Mer, ambos con acceso directo a la playa. Estos apartamentos ofrecen una excelente relación calidad-precio.