Los aparthoteles en Estepona combinan la independencia de un apartamento con los servicios de un hotel. Son ideales para familias o viajeros que buscan espacio extra, zona de cocina y la opción de aparcar sin coste. Los precios aproximados van desde 89 € por noche, y las zonas más solicitadas son el centro, La Rada y el entorno de Valle Romano.
Entre los alojamientos mejor valorados está Estepona Holiday Hills, con 6 piscinas, jardines y aparcamiento privado, a 5 minutos a pie de la playa de La Galera. El Seaclub Suites Complex, con una puntuación de 9,3, ofrece apartamentos amplios con piscina privada y zona de playa. Para golfistas, el Ona Valle Romano Golf & Resort dispone de campo propio y servicio de traslado a la playa en temporada alta.